婺源自古就有封禁风水林、水口林，杀猪封山的生态保护传统。1992年，该县率全国之先在秋口镇渔潭村建立自然保护小区，以政府引导、社会参与、权属不变、村站共管的方式，对村落生态林进行保护。试点成功后，该县出台了《婺源县自然保护小区管理办法》，逐步在全县各乡镇先后建立了自然生态型、珍稀动物型、水源涵养型等六大类自然保护小区193个，总面积达10.98万公顷。自然保护小区内禁止挖沙、采石、取土、野炊、渔猎、放牧。婺源这一做法曾被原林业部向全国推广。
与此同时，婺源县高标准开展封山育林，推广改燃节柴、改灶节柴工程，关停并转了木材加工企业，加强了林政管理和森林公安、林政稽查等林业执法队伍建设，确保了森林资源发展和生态环境的改善。婺源的生态保护得到了国家有关部门的高度重视和大力支持，境内的饶河源湿地公园和婺源森林鸟类自然保护区，先后升格为国家湿地公园和国家级自然保护区。
自然保护小区建设29年来，婺源的森林覆盖率由73.7％上升到82.64％，生物多样性得到很好的保护。目前，该县境内有南方红豆杉、鹅掌楸等18种国家重点保护野生植物，有金线兰、细茎石斛等125种省级保护野生植物，有木本植物1100多种、草本植物2400多种；良好的生态环境吸引了众多鸟类和其他动物在此栖息，豹猫、黑麂、白颈长尾雉等一级“国保”动物经常现身；比大熊猫更稀有的蓝冠噪鹛落户这里，为婺源独有鸟类；该县的鸳鸯湖成了亚洲最大的野生鸳鸯越冬栖息地。良好的生态环境还助推婺源生态旅游产业发展风生水起，使之成了当地乡村振兴的“黄金产业”。
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